Restriksiyon Endonukleazlar 2

Tanım

Restriksiyon enzimleri (RE); kesim özgüllüklerine, metilaz aktivitelerine, kofakttör ihtiyaçlarına göre, altünite yapılarına göre sınıflandırılabilmektedir. Bunlar: Tip I RE’lar, Tip II RE’lar, Tip III RE’lar, Homing Endonükleazlar ve Nicking Endonükleazlar.

Çeşitler

Tip I RE’lar

Bu tip enzimler hem metilaz hem de endonukleaz işlevlerine sahip multimerik(çoklu polipeptit zincire sahip) enzimlerdir. Aktivite için Mg+2, ATP, S-adenozilmetionin (SAM)’e gereksinim duymaktadırlar. Tanıma dizilerine bağlanmalarına karşın, kesimleri dizi dışında rastlantısal olarak gerçekleşmektedir. Yaygın olarak bulunurlar. Genellikle 2 alt birim bulunmaktadır: S alt birimi, DNA materyalindeki hedef  bölgeyi tanır. M alt birimi, modifikasyon metilazı olarak işlev görmektedir.

Tip II RE’lar

Bu tip enzimler, ilk akla gelen ve en çok üzerinde durulan enzimlerdir. Tam hedef nükleotitten veya çok yakınından kesim yapma özelliğine sahip olduklarından dolayı, izole edilen RE’ların çoğu bu gruptadır.Çift iplikçikli DNA’da özel yerlere bağlanırlar. Çoğunlukla 4-6 baz çiftlik polindromik dizilerdir ve bu dizi içindeki özel yerden kesim yaparlar. ATP gereksinimleri yoktur. Mg+2 gereksinim duyarlar.

Tip III RE’lar

Tip I RE’lar gibi metilasyon modifikasyon fonksiyonuna sahiptirler. Fonksiyon bakımından Tip I RE’lara benzerliklerinden dolayı çok az kullanım alanı vardır. Tam bir kesim yapma dizilerinden bağlanmalarına karşın, kesimi tanıma yerlerinden farklı bir yerden yaparlar. Mg+2 ve ATP’ye ihtiyaç duyarlar.

Homing Endonukleazlar

Diğer restriksiyon enzimlerinden protein yapıları açısından farklılık gösterirler. Aktivite için protein ve RNA’ya ihiyaç duyarlar. Uzun ve asimetrik bölgeleri tanıyan enzim gruplarıdır. Tanıma yerlerindeki tek baz değişimlerine tolere edebilirler. Tanıma özgüllüğü daha azdır.

Nicking Endonukleazlar

Restriksiyon enzimleri, çift zincir DNA’ya bağlanır ve kesim yapmaktadırlar. Nicking adı verilen bu grup ise tek zincire bağlanıp endonukleaz aktivitesi gösterirler.

Kaynaklar:

1. https://labakademi.com/restriksiyon-endonukleazlar-ve-fonksiyonlari/
2. http://yunus.hacettepe.edu.tr/~mergen/sunu/s_restrictions.pdf
3. https://prezi.com/_frs0e4oh_o7/resktirksiyon-enzimleri-siniflandilmasi-cesitleri-ve-kesme-m/

Görsel Kaynak: http://labplatform.com/

Editör: Meryem Melisa KAR