Elif Büşra Zorlu
Giriş
Bob Yirka tarafından, Phys.org, 27 Mart 2020
Çin’de Hangzhou çevresinde birçok kurumla çalışan büyük bir araştırmacı ekibi, kapsamlı insan tek-hücreli atlasının oluşturulmasında çok büyük bir adım atmışlardı. Nature dergisinde yayınlanan makalelerinde, gönüllüler tarafından bağışlanan yarım milyondan fazla tek hücrenin RNA’sını nasıl dizilediklerini ve bilgiyi tek-hücreli atlasta kullanılabilecek şekilde sunmak için nasıl işlediklerini tanımlıyorlar.
İnsan vücudundaki hücrelerin tümü aynı temel genetik bilgiyi taşır – Genlerin ifadelerinde farklılık vardır. İfade edilen bu genler, hücrenin işlevini tanımlar. Bir süredir tıbbi araştırmacılar, vücudun tüm bölgelerindeki hücrelerde hangi genlerin ifade edildiğini tanımlayan bir atlas istemişlerdi. Böylesi bir atlas bilim insanlarının hücrelerin işlevlerini daha iyi anlamalarına ve birlikte nasıl çalıştıklarına bunlara ek olarak yeni araştırmalarında zaman kazanmalarına yardımcı olabilecektir.
Atlaslar bazı doku tipleri için oluşturulmuştur, ancak şuanda insan vücudundaki tüm hücre tiplerini kapsayan tek bir atlas yoktur. İnsan vücudunda 30 trilyondan fazla hücre olduğundan böyle bir atlas yaratmak uzun yıllar boyunca çok zaman ve çaba gerektirecektir. Bu yeni çalışmada araştırmacılar büyük organların tümünü içeren vücudun farklı bölgelerinden (ve bazıları fetal dokudan) 500,000’den fazla hücre için gen ifade bilgisi sağlayarak bu hedefe doğru büyük bir adım atmış oldular.
Tek-Hücreli Atlasın Oluşturma Yöntemi
Çalışma öncelikle doku örneklerinin elde edilmesi ve sonrasında işlenmesini içermekteydi. Bu amaçla, hücreler önce enzimler kullanılarak santrifüjle izole edilmiştir. İzole edilir edilmez, hücrelerin her biri Microwell-Seq – çok sayıda hücrenin hızlı dizilenmesine izin veren – diye adlandırılan özel bir araç kullanılarak dizilenmiştir. Toplamda, ekip 60 tip dokudan hücreler diziledi. Araştırmacılar sonrasında hücre bilgilerini sınıflamak için geliştirdikleri bir methodu kullanarak harita oluşturdular. Bu harita ve temel verileri, tam ve kapsamlı tek-hücreli veritabanı haline gelebilecek şeyin temelini oluşturmaktadır.
Daha fazla bilgi için: Xiaoping Han et al. Construction of a human cell landscape at single-cell level, Nature (2020). DOI: 10.1038/s41586-020-2157-4
Makale Bilgisi: Nature
Editör: Meryem Melisa KAR